Il était prévisible et même prévu notamment depuis l’épidémie de SARS-1 en 2002-2003 qu’une nouvelle infection à corona virus était dans les limbes.
Le Covid-19 est un nouveau virus de la famille des corona (Covid veut dire COrona Virus Disease) connue jusque vers les années 2000 pour le rhume, affection contagieuse mais non grave.
Une mutation dangereuse car entraînant des infections létales en affectant les poumons est apparue pour la première fois chez l’homme lors de l’épidémie de SARS-1 ou SARS-C ou SARS-Cov-1 (Severe Acute Respiratory Syndrome, COrona Virus associated disease) en 2002 en Chine dans le Guandong (8 096 cas dans environ 30 pays, ne causant « que » 774 décès), se diffusant dans le monde entier jusqu’en 2004. Une autre épidémie à Corona eut lieu en 2015 en Corée du Sud : le MERS (Middle East Respiratory Syndrome) apparu en 2012 en Arabie saoudite : 1 154 cas d’infections confirmées dont au moins 434 mortels. Des virus donc plutôt létaux, mortels, mais relativement peu contagieux…
À l’inverse, les taux de létalité sont faibles pour Covid-19 (0,5 à 1 % pour l’OMS). Ce taux est cependant supérieur à celui de la grippe saisonnière (0,1 % en moyenne). On mesure ici le « taux de létalité réel » (Infectious Fatality Rate, IFR), qui est le rapport entre le nombre de morts et le nombre de personnes qui ont été infectées. On ne fait donc pas le rapport du nombre de morts aux seuls cas testés positifs, mais à l’estimation de tous ceux qui ont été infectés par le virus.
L’épidémie
Les chiffres de décès Covid sont souvent largement sous-estimés, soit par ignorance (cas des EHPAD en France), soit pour des raisons politiques (Chine, Brésil, Russie…). Ainsi alors que la Chine reconnaît pour Wuhan (11 millions d’habitants) environ 50 000 cas et 2 531 décès (quand même 5 % de mortalité), la distribution des urnes pour la Fête des Morts suggère de 50 000 à 100 000 décès, voire plus encore. Dans une interview à Sciences et Avenir la Recherche, le Dr Georges Ga Fu Kao, directeur du CDC (Centre de contrôle et de prévention des maladies) chinois, parle en fait de 82 000 cas, avec un cas symptomatique pour 6 à 7 asymptomatiques.
De façon générale, s’il n’y a pas eu récemment de décès supplémentaires en grand nombre à Wuhan, les chiffres et même la chronologie chinoises sont sujets à caution, ce qui participe de l’alimentation des théories complotistes. Pour le Brésil, les chiffres officiels sous Bolsonaro sont complètement sous-évalués, mais il est extrêmement difficile de se faire une idée du nombre réel de cas et de décès.
Par ailleurs, dans les différents pays, le décompte des décès attribués au Covid ne repose pas sur des méthodes homogènes.
Origine
Le « nouveau virus » pour l’homme est un coronavirus de la chauve-souris puis du pangolin, avec recombinaison avec un virus du pangolin, hôte intermédiaire. Il est aussi possible que le virus se soit recombiné dans la transmission directe de la chauve-souris à l’homme. L’autre hypothèse est que le virus est là et dormant depuis longtemps.
Il serait en tout cas « apparu » sur un marché de Wuhan (province de Hubei) début décembre 2019.
Ce type de transmission a déjà existé : Ebola, le Sida (Afrique, origine le chimpanzé et/ou le singe vert). L’idée de Trump de « virus chinois » ne cadre pas pour la grippe H1N1 originaire d’un élevage au Mexique, par exemple. Quant à un complot de l’armée US ou des laboratoires chinois, elle se heurte à la « grippe espagnole » apparue en Chine dans la région de Canton, avant tous travaux de génie génétique, virose partie du canard et passée à l’homme via le porc.
L’hypothèse d’une fuite de ce virus d’un laboratoire au cours d’études de routine des virus de chauve-souris ne peut être totalement écartée mais parait extrêmement improbable.
Les clusters, « vagues » ou rebonds
Le virus se dissémine par foyers (clusters). C’est la raison pour laquelle il existe des disparités géographiques au sein d’un même pays qui faussent parfois l’appréciation de la progression de l’épidémie si on se limite aux statistiques nationales. Hors la diversité de peuplement, ces différences sont mal comprises, mais, sans surprise, dans une même vague, ce sont les populations les plus pauvres qui sont le plus touchées.
L’hypothèse d’un virus saisonnier sensible à la chaleur ne tient pas face aux disparités.
Par contre, que le virus épuise temporairement un foyer avant de ré-exploser ultérieurement semble avéré, et des cofacteurs (comme pour la grippe) sont à rechercher pour la saisonnalité, mais là encore on est plutôt ignorant.
On peut noter des décalages entre pays. Ainsi, l’épidémie explosait-elle en Amérique du Nord et Sud pendant un relatif répit en Europe pendant l’été.
En ce qui concerne l’Europe, un coup d’arrêt avait été donné à la fin du printemps avec les succès des politiques de confinement.
Depuis septembre (avec des disparités) la courbe des infections remonte, et ce n’est pas dû à la seule augmentation du nombre de tests, donc de patients détectés, car le taux de positivité a crû progressivement, suivi par une reprise des hospitalisations, et une reprise décalée des entrées en réanimation. Les progrès réalisés (anticoagulants, dexamethasone, nouvelles procédures d’oxygénation, etc. ont cependant permis de diminuer le pourcentage de décès, et le taux de progression est plus lent qu’en mars-avril.
On peut incriminer à ces sujets l’effet protecteur des mesures barrières et la diminution de la charge virale à travers le masque. On peut néanmoins parler de rebond ou de deuxième vague.
Par contre, que le virus mute continuellement est une réalité, même s’il est beaucoup moins mutagène que HIV ou polio, à titre d’exemple. Douze mutations ponctuelles ont été décrites, sans effet sur la contagiosité du virus ou sa létalité. Mais si cela explique la prépondérance croissante de ce mutant, sa létalité n’est pas affectée. Il n’existe pour l’instant aucune preuve par exemple que le virus « soit devenu plus (ou moins…) dangereux » entre août et fin septembre…
Aspects d’écologie politique
Épidémies et pandémies se répètent de plus en plus souvent. Les écosystèmes sont pillés pour des plantations, des bois précieux, et « confrontent » l’homme à des virus sans contact antérieur donc sans immunité protectrice que le contact soit direct (manipulation, dépeçage, nourriture) ou indirect (les tiques, par exemple).
L’exemple historique est la variole introduite en Amérique par les Espagnols, puis le dépôt intentionnel de couvertures et vêtements infectés auprès des communautés indiennes.
Ajoutons les routes transforestières et en savanes « désenclavant » des micro-communautés auparavant isolées – ce qui limitait la propagation – et les marchés d’animaux vivants, à hygiène limite – tiques, mouches, etc.
S’y surajoute la mondialisation capitaliste : avions gros porteurs, paquebots de croisière, etc., lieux de contamination idéaux et… rapides.
La diffusion du virus a d’ailleurs suivi les routes commerciales et s’est faite d’abord via les liaisons intercontinentales privilégiant les cités et épargnant les campagnes et les zones de faible densité.
Les aberrations de la recherche
Les coronavirus sont connus depuis SARS-1. Leur structure permet de déterminer des éléments communs à la famille, cibles d’anticorps neutralisants et où de cellules tueuses, ainsi que des cibles pour des antiviraux. On peut donc envisager des vaccins « anti tout corona » (des « pan vaccins ») et des antiviraux corona spécifiques. C’est exactement ce qu’ont fait plusieurs labos dès SARS 1. Je prendrais l’exemple de la France mais c’est aussi le cas ailleurs.
Mais, pour cela il faut soit des crédits réguliers pour financer la recherche fondamentale, soit se résoudre, les crédits récurrents ayant fondu en biologie depuis la fin des années 80, à passer par les « appels d’offres » notamment de l’ANR (Agence nationale pour la recherche) très souvent déterminés par l’intérêt économique immédiat et/ou une faisabilité rapide.
Ce qui en fait est aberrant en biologie et nie le rôle du hasard et de la sérépendité (conjonction du hasard et de la sagacité du chercheur, NDLR) et les projets « hors mode, hors norme » donc les projets originaux en science. Par exemple, chacun sait que ni la découverte de l’accélération de l’expansion de l’univers ni celle de « la matière noire » n’étaient planifiées au départ. La recherche des « trous noirs » si, comme conséquence de la relativité.
L’histoire des « pan vaccins corona » français est exemplaire… Il existait un laboratoire qui s’y dédiait, avec des pistes prometteuses. Reprenons les déclarations de Bruno Canard, virologue au CNRS, dans le Monde : « On venait alors de lancer [en 2002] de grands programmes de génomique structurale sur les virus pour essayer de ne pas être pris au dépourvu en cas d’émergence. La démarche est très simple : comment anticiper le comportement d’un virus que l’on ne connaît pas ? Eh bien, simplement en étudiant l’ensemble des virus connus pour disposer de connaissances transposables aux nouveaux virus. Un projet européen lancé à cette fin à l’époque a été suivi d’autres programmes. L’irruption du SARS-CoV en 2003 a illustré la pertinence de cette démarche. Cela nous a conduits à décrire une première structure cristallographique dès 2004. […] Je pense qu’énormément de temps a été perdu entre 2003 et aujourd’hui pour trouver des médicaments. En 2006, l’intérêt pour le SARS-CoV avait disparu ; on ignorait s’il allait revenir. Nous avons alors eu du mal à financer nos recherches. »
De même, Didier Sicard (président du Comité national d’éthique jusqu’en 2008 et très impliqué dans la création de l’institut Pasteur au Laos, constate à quel point la transformation de la forêt primaire rapproche l’homme des chauves-souris et donc d’un réservoir de virus trop peu étudié. Il dénonce donc le sous-investissement de la France dans cet Institut Pasteur. « Ce qui me frappe toujours, c’est l’indifférence au point de départ. Comme si la société ne s’intéressait qu’au point d’arrivée : le vaccin, les traitements, la réanimation. Mais pour que cela ne recommence pas, il faudrait considérer que le point de départ est vital. Or c’est impressionnant de voir à quel point on le néglige. L’indifférence aux marchés d’animaux sauvages dans le monde est dramatique. On dit que ces marchés rapportent autant d’argent que le marché de la drogue1. »
Évidemment, crapahuter pour analyser les virus des chauves-souris n’est pas rentable ni immédiatement ni à long terme pour le « big pharma ». Ou plutôt ne l’est plus guère : même la recherche systématique d’antibiotiques par analyse des plantes sauvages, par exemple, a dépéri.
Une politique à courte vue
Quand les premiers cas se sont déclarés, il y a eu en Europe, et notamment en France, sous-estimation du danger tandis que le système de santé avait subi les coups des politiques néolibérales. Citons Agnès Buzyn, l’ex-ministre de la Santé, « Le risque d’introduction en France est faible mais ne peut pas être exclu » alors que l’OMS multipliait les « avertissements ». Et Olivier Veran : « Nous agissons vite, nous agissons fort pour faire face à la menace épidémique », avec l’annonce que « tous les départements de métropole disposeront d’au moins un centre hospitalier capable d’accueillir les malades et de les prendre en charge du début à la fin ».
En réalité : hôpitaux submergés (près de 20 000 lits supprimés sous Sarkozy Hollande Macron) transferts par TGV, manque de masques (liquidation sans renouvellement des stocks ; mensonges sur leur inutilité en mars rendant quasi illisible leur imposition ultérieure ; masques payants et non gratuits ; manque de tests faute d’achats de réactifs PCR, pénurie de médicaments, de blouses, etc.
Dans la recherche et les hôpitaux, on a eu affaire à une politique de flux tendus et de désinvestissement dont on voit les conséquences. Et il était à craindre que pénuries et couacs se répètent lors de la levée du confinement avec, en plus, des menaces sur les libertés individuelles. C’est exactement ce que l’on a eu pour la deuxième vague.
Les choix asiatiques
C’est le traitement préventif et un confinement strict et de longue durée qui a permis en Chine de localiser et apparemment juguler l’épidémie. Au prix de mesures drastiques que l’on voit mal pouvoir appliquer en France. Après un retard provincial important, les autorités provinciales du Hubei bloquent tout à Wuhan, Huanggang et Ezhou (22 millions d’habitants) et le 25 janvier, les autorités élargissent la quarantaine à presque toute la province de Hubei (56 millions d’habitants), avec confinement dans les maisons (qui ira jusqu’à fermer /souder les serrures d’appartements de contaminés).
En parallèle, sont instaurés de stricts contrôles aux frontières, tandis qu’est lancée la construction en urgence d’hôpitaux de campagne. Ces mesures ont jugulé totalement l’épidémie à Wuhan.
Mais il faut noter que la reprise du travail expose ensuite à une deuxième vague – hors Hubei – les zones non infectées, Pékin et Shanghai par exemple. C’est en fait peu probable, tant la réponse du régime à tout redémarrage se fait sur le même mode qu’à Wuhan. Alors que le strict contrôle aux frontières et les quarantaines imposées semblait cadenasser toute reprise. Nationalement, seuls quelques nouveaux malades sont recensés chaque jour, la quasi-totalité étant des Chinois revenus de l’étranger et placés en quarantaine dès leur arrivée. Mais la découverte à Qingdao de six cas de coronavirus et six cas asymptomatiques a provoqué un quasi-isolement temporaire et le dépistage de cinq districts de Qingdao « sous trois jours » et de la totalité de la ville « sous cinq jours » soit au moins 5 (et peut être 9) millions de personnes.
Des mesures très similaires ont été prises au Vietnam, avec confinement généralisé et quarantaine, et reconfinement de cités entières telle Da Nang en juillet (avec rien moins que l’évacuation de 80 000 touristes). Résultat : 268 cas et zéro décès pour 93 millions d’habitants, mais 1 122 cas au total et 35 décès après le pic de juillet et un mini pic en octobre. On a beaucoup glosé sur cette « reprise » mais 35 décès comparés aux chiffres européens, c’est no comment. Cette stratégie restera en place jusqu’à au moins fin 2021.
De telles stratégies semblent peu applicables en Europe si on en juge par l’effet des fermetures de bars à Marseille, Liverpool, Madrid, etc.
Cette stratégie extrême n’est en fait pas celle mise en place en Corée ou Taiwan. La Corée en 2015 a souffert du corona MERS venu d’Arabie Saoudite : 1 154 cas d’infection confirmées et au moins 434 mortels. Alerte faible mais la Corée en tire les leçons et se prépare à la prochaine inévitable épidémie. D’où par exemple la disponibilité de plus de 10 000 tests par jour, avec plus de quarante cliniques ambulantes. Puis des foyers sont isolés, masques et gants diffusés massivement, et on analyse, une fois diagnostiqués, les foyers : les proches de toutes les personnes contaminées sont ainsi recherchées de façon systématique, avant de se voir « proposer » un test de dépistage. Enfin, il y a désinfections des locaux, des rues, et ce dès la première vague de contamination (7 755 cas au 11 mars), et un très grand nombre de PCRs (test diagnostic). Les déplacements des malades avant qu’ils ne soient testés positifs sont reconstitués au moyen des images de vidéosurveillance, de l’utilisation de leur carte bancaire ou du bornage de leur smartphone (qui sert aussi des applications du type Stop Covid), puis rendus publics.
On peut douter là encore que ça « passe en France », mais ce qui compte (comme à Taïwan, autre modèle) ce sont les tests (plus de 10 000 par jour) avec y compris des cliniques ambulantes, le tout de façon, ordonnée et planifiée.
La Nouvelle-Zélande a aussi un bon bilan au prix de mesures drastiques. Fermeture des frontières dès mars, sept semaines de confinement national et strict entre mars et mai. Mise en place là aussi d’une application – NZ Covid Tracer app – pour retracer tous les contacts d’une personne contaminée. De plus : chaque entreprise, chaque magasin, chaque restaurant a l’obligation d’afficher à l’entrée un QR Code que chaque personne doit scanner avant d’entrer.
Dans tous ces pays, la discipline de la population a été quasi-totale. Si cela a entraîné des dégâts économiques (plus forts en Nouvelle-Zélande qu’à Taiwan, Singapour, en Corée, etc.), il n’en reste pas moins que la zone Pacifique a géré la crise. Les chiffres économiques de la Corée et de Taiwan montrent une baisse bien plus faible du PIB que dans les pays européens et américains ou en Inde où le confinement mal géré n’a pas empêché l’épidémie d’être quasi hors de contrôle, le tout conjugué à une baisse abyssale du PIB (- 23,9 % d’avril à juin !).
Europe et Amériques
Tel n’a pas été du tout le cas des pays européens (nous ne parlerons pas ici de la Russie vu une certaine opacité des chiffres, idem pour l’Iran, etc.), latino-américains et d’Amérique du Nord et centrale. Deux types de stratégie ont été appliqués : confinement / restrictions ou recherche de l’immunité de groupe.
Pour ce qui est de l’immunité collective, qui a été mise en œuvre plus ou moins ouvertement, cette vision est basée sur le fait que la population infectée développera une réponse anticorps (et cellulaire ?) et que l’épidémie s’éteindra. Passons sur le fait que rien ne prouve (au contraire) que l’immunité dure plus de 5-6 mois en conditions naturelles.
Cela a été la démarche appliquée en Suède. Dans ce cadre, pas de confinement, pas de masques, entre autres. Une telle stratégie a des côtés eugénistes vis-à-vis des vieux, et surtout nécessite qu’au moins 60 % de la population ait été infectée. On en est loin, et la maladie a commencé d’affecter massivement les jeunes. C’est une marque d’échec de la réponse par immunité collective, avec cerise sur le gâteau une mortalité par million d’habitants 6 à 10 fois supérieure par rapport aux voisins scandinaves, à densité et mode de vie équivalents (Finlande, Norvège). Un « succès » qui a amené à l’automne la Suède à durcir son dispositif.
Le confinement est une mesure sanitairement efficace. Il a d’abord un coût économique certain côté production pour les capitalistes et côté distribution via la restriction de consommation. Il est catastrophique pour certains secteurs (restauration, tourisme, culture). Le coût social est considérable pour un très grand nombre de travailleurs sans indemnités de chômage et pour la jeunesse…
Il n’est pas possible ici de revenir sur les différentes politiques nationales. En France, après la première vague déjà évoquée, le gouvernement a laissé filer les choses pendant l’été et annoncé son refus d’un nouveau confinement avant d’instaurer un couvre-feu, puis un confinement « aménagé ».
Les lieux majeurs de contamination continuent de fonctionner souvent sans dispositifs suffisants : entreprises, transports, écoles (il est établi que les enfants sont paucisymptomatiques2 ou asymptomatiques, mais contaminants), EHPAD. Le souci de préserver l’économie aux dépens de la vie socioculturelle des individus est patent.
Traitements et vaccins
« Rhinocéros noir » prévalant, aucune recherche n’a eu lieu sur les voies métaboliques des coronas : aucun intérêt pour une épidémie à venir et un marché incertain. C’est d’ailleurs ce qui freine encore actuellement : si on a un vaccin, il n’ y aura plus de place pour un traitement éventuellement coûteux à développer et qui ne sera plus amorti, et aucun intérêt pour les labos.
Donc ont été testés les antiviraux existants, qui, tous, avaient montré leur inefficacité in vivo sur SARS-1 et MERS (hydroxychloroquine compris). Des progrès sont ceci dit en cours sur les voies du complément, de l’interleukine, le rôle des interférons, etc. Les progrès les plus notables ont été obtenus en réanimation de façon symptomatique : anticoagulants, dexamethasone et nouvelles procédures d’oxygénation ont permis d’améliorer très significativement le pronostic.
La course aux vaccins est emblématique. Les phases 1 et 2 ont donné des résultats positifs en réponse anticorps. Mais on ne sait pas toujours bien – quand elle a été mesurée – les résultats en réponse cellulaire (pourtant connue comme étant souvent la plus importante). Parfois on l’a mesurée de façon très indirecte (production d’interféron gamma pour un vaccin chinois). Mais l’exemple de la dengue montre que l’économie d’une phase 3 peut aboutir à une catastrophe.
D’autant que l’on a peu d’informations sur l’arrêt temporaire des tests des vaccins Astra Zeneca, ou Johnson and Johnson. On peut simplement noter que l’un et l’autre sont dirigés contre Spike, une protéine virale qui se lie à ACE2. Or ACE2 est une protéine qui peut très bien avoir un récepteur/activateur sur des cellules peu étudiées. D’autres mécanismes (vaccins ADN, ARN etc.) ont fait l’objet d’études et tests plus ou moins avancés. Un autre problème : la voie classique d’administration des vaccins ne serait pas la bonne. Il faudrait choisir une voie qui vise plus spécifiquement une réponse d’anticorps sécrétoires (associés aux muqueuses) et donc une voie nasale.
Enfin, il est très probable qu’il faille deux injections. Exemple : les Russes ont adopté un mélange entre ce qui se fait à Oxford avec Astra Zeneca, utilisant l’adénovirus 26, un autre adénovirus humain, et un vaccin basé sur l’adénovirus 5, comme en Chine. Leur vaccin est un mélange des deux, la première injection devant se faire avec l’adénovirus 26, la deuxième injection booste le système immunitaire avec l’adénovirus 5 (Georges Fu Gao).
De toute façon, on peut dire qu’il faudrait vacciner 70 % de la population. Alors, si l’on fait un petit calcul sur la population mondiale de 7 milliards de personnes, cela fait environ 5 milliards de gens à vacciner, la production nécessaire pourrait prendre un an, et si tous les vaccins sont disponibles. De plus, il faudra mettre en œuvre une logistique énorme.
Complotisme
On ne peut malheureusement pas ne pas dire un mot du complotisme, très présent aux USA, mais aussi en Europe, et notablement en France. Si Raoult a dû finalement avouer qu’il n’avait pas de lits de réanimation, et rajouter « hôpital de jour » sur ses traitements, ce qui explique pour ceux qui ne l’auraient pas compris son taux de « succès » (il ne « traite » que les cas légers, les cas graves sont transférés dans les hôpitaux marseillais et comptabilisés là-bas), cela n’a pas empêché après avoir nié le caractère immunisant de la maladie (les sérotests doivent être faits avec des anticorps fantômes) de nier la deuxième vague.
Beaucoup plus ahurissants encore sont Laurent Toubiana, épidémiologiste modélisateur formé à Thomson CSF, et Jean-François Toussaint, professeur de médecine du sport, l’un et l’autre « grands virologistes et immunologistes » qui vont avec d’autres de télé en télé expliquant depuis août qu’il ne se passe rien ou que manifestement l’épidémie décroît. S’y agrègent des « spécialistes » de la « non pandémie » (deuxième pandémie dans le monde quand même), des « spécialistes » de l’inutilité des masques dont un viré de l’université d’Ottawa, Denis Rancourt. Tous dénonçant – en dépit de la concurrence acharnée que se livrent les gros labos comme Sanofi vs. Sandoz Novartis… ou les startup – une entité unique « Big pharma » manipulée par Bill Gates, manipulant l’OMS. Il est regrettable que, de la saga Hydroxychloroquine aux anti-vaccins, on trouve dans cette galaxie un certain nombre de militants de gauche…